La réserve naturelle nationale du Sabot de Frotey-lès-Vesoul est un plateau calcaire à l'origine recouvert par une forêt, exploitée dès le Moyen-Age. Par la suite, le site fut consacré à diverses cultures et au pâturage itinérant. Il avait un rôle économique important : les habitants de Frotey pouvaient y mener
À proximité d'Arinthod se trouve un magnifique cirque, celui de Vogna. Celui-ci a été creusé dans la roche calcaire par le glacier qui recouvrait le Jura durant la glaciation de Riss. Le glacier qui se trouvait dans le cirque a, lors de sa disparition, laissé sur place un gros rocher,
Au beau milieu d’un vallon escarpé, le pont Sarrazin est une immense arche creusée par l’érosion calcaire. D'après la légende, au VIIIe siècle, un Sarrazin en expédition, capture une jeune fille et s'enfuit par cet étonnant rocher formant un pont. La captive en se débattant, tomba, indemne, sous l'arche avec
Le Rocher des Commères est une particularité géologique, située à Sirod, qui a donné lieu à une légende. Initialement, elles étaient trois, mais deux des « Commères » ont été détruites par l'érosion avec le temps. Départ du parking de La Percée. Randonnée n°35 du Topo pédestre Champagnole Nozeroy Jura.
Les carrières de Fontaines ont été exploitées jusqu'aux années 1960. Avec leurs ateliers de taille de pierre, elles ont occupé de nombreuses familles fontenoises. C'est à la pierre de Fontaines que le village doit son surnom de village d'eau "et de pierre". On la retrouve dans l'architecture de l'église Saint-Just,
Un magnifique site naturel, forteresse géologique bâtie sur les torrents du secondaire dont les galets ont formé au cours des ères dans un conglomérat rougeâtre, le Poudingue de la Ciotat.
Dans le Val d'Enfer, gardé par des monstres de pierre, les légendes et les poètes y logèrent sorcières et fées. Dante s'inspira de ce vallon niché au pied du village pour écrire son Inferno et Mistral, dans Mirèio, y situa l'antre de la sorcière Taven. Une cabro d'or garde le